Τα βουνά του Ρεθύμνου είναι εξαιρετικά πλούσια σε σπήλαια που φθάνουν τα 850 και ανάλογα με τη χρήση τους στο παρελθόν ή ακόμα και σήμερα παρουσιάζουν ιδιαίτερο αρχαιολογικό, ιστορικό και λαογραφικό ενδιαφέρον, χωρίς φυσικά να παραβλέπεται και η ξεχωριστή φυσική ομορφιά αρκετών από αυτά. Τα γνωστότερα σπήλαια του νομού είναι του Γερανίου και το σπήλαιο Σιμονέλλι στα δυτικά της πόλης, του Αγίου Αντωνίου στην Πατσό Αμαρίου, του Μελιδονίου, το Ιδαίον Άντρον, το σπήλαιο στο Μούγκρι Σισών, το σπήλαιο Σ(φ)εντόνη στα Ζωνιανά κ.α.

Το Ίδαιο Άντρο:

Στο οροπέδιο Νίδα στον Ψηλορείτη, σε απόσταση 24 χιλ. από τα Ανώγεια και 78 χιλ. από το Ρέθυμνο βρίσκεται το Ιδαίον Άντρον. Το τεράστιο άνοιγμα της εισόδου του Ιδαίου Άντρου που βρίσκεται σε υψόμετρο 1538μ. είναι αυτό που αρχικά εντυπωσιάζει τον επισκέπτη. Πρόκειται για ένα σπήλαιο μεγάλων διαστάσεων το οποίο διαθέτει μεγάλη κεντρική αίθουσα και πλευρική στοά μήκους 22 μέτρων. Το σπήλαιο όπου κατά τη μυθολογική παράδοση ανατράφηκε ο Δίας, αποτέλεσε σπουδαίο λατρευτικό κέντρο τόσο στα μινωικά όσο και στα ρωμαϊκά χρόνια. Οι ανασκαφικές εργασίες που διενεργούνται στο εσωτερικό έχουν αποδώσει πλούσια και σημαντικά ευρήματα ανάμεσα στα οποία κεραμική, χρυσά κοσμήματα, μετάλλινα αντικείμενα και φυσικά οι γνωστές χάλκινες ασπίδες. Επειδή η έρευνα είναι σε εξέλιξη το σπήλαιο δεν είναι επισκέψιμο.

Το σπήλαιο του Μελιδονιού:

Η ανασκαφική έρευνα που διενεργείται στο σπήλαιο του Μελιδονίου έχει βεβαιώσει ότι το σπήλαιο δεν έπαψε να χρησιμοποιείται και να αποτελεί λατρευτικό κέντρο από τα πρώιμα νεολιθικά χρόνια έως και τα ρωμαϊκά. Σύμφωνα με επιγραφική μαρτυρία είναι συνδεδεμένο με τη λατρεία του Ερμή. Το σπήλαιο διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο και στα νεώτερα χρόνια, κυρίως δε στην τουρκοκρατία όταν 370 κάτοικοι του Μελιδονίου πολιορκημένοι από τους Τούρκους πέθαναν από ασφυξία μέσα στο σπήλαιο τον Ιανουάριο του 1834. Στο ηρώο που βρίσκεται στον πρώτο θάλαμο του σπηλαίου φυλάσσονται τα οστά τους. Το σπήλαιο είναι επισκέψιμο.

Το σπήλαιο αυτό διαθέτει ένα θαυμάσιο σταλαγμιτικό διάκοσμο και 6 αίθουσες. Η αρχαιολογική έρευνα εκτός από τρεις ανθρώπινους σκελετούς, έφερε στο φως και πλήθος οστέινων και λίθινων εργαλείων νεολιθικής εποχής. Βρέθηκε επίσης σπουδαίο παλαιοντολογικό υλικό που θα πρέπει να ανήκε σε πάνω από εκατό ενδημικά ελάφια που θα πρέπει να είχαν πεθάνει στο τέλος της εποχής του Πλειστόκαινου. Οι σκελετοί ανήκαν σε ανθρώπους που πιθανότατα παγιδεύτηκαν μέσα στο σπήλαιο ίσως λόγω κάποιου σεισμού.

Το σπήλαιο Σφεντόνη :

Βρίσκεται στα Ζωνιανά Μυλοποτάμου (47 χιλ. από το Ρέθυμνο στο δρόμο Ρέθυμνο -Πέραμα – Αξός), διαθέτει 14 θαλάμους με πολύ πλούσιο διάκοσμο από σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Το μήκος του είναι 550 μ. και η συνολική επιφάνεια του καλύπτει 3.330 τ.μ. Τα τελευταία χρόνια η αρχαιολογική έρευνα εντόπισε νεολιθική εγκατάσταση μέσα στο σπήλαιο. Το σπήλαιο είναι επισκέψιμο.

Το σπήλαιο του Αγίου Αντωνίου:

Βρίσκεται στην Πατσό και αποτελεί ένα ακόμα σπήλαιο με λατρευτικό χαρακτήρα μια και, όπως έχει αποδειχθεί από τις αρχαιολογικές έρευνες, αποτέλεσε σημαντικό κέντρο λατρείας από τα υστερομινωικά έως τα ρωμαϊκά χρόνια. Σύμφωνα με επιγραφική μαρτυρία στο σπήλαιο λατρευόταν ο Ερμής Κραναίος. Η εκκλησία που βρίσκεται στο σπήλαιο είναι αφιερωμένη στον Άγιο Αντώνιο, προστάτη των παιδιών. Το σπήλαιο είναι επισκέψιμο.